В игре есть несколько точек принятия решений, влияющих на последующий сюжет. Основные из них, с вариантами при каждом выборе, описаны здесь.

Одна из операций NSF заканчивается крупным успехом — террористы
отбивают несколько контейнеров с амброзией и при отступлении захватывают остров свободы.
ДжейСи поручают захватить в плен их лидера и освободить захваченного
ими спецагента UNATCO Гюнтера Германа. Дентон добирается до лидера, но
тот не оказывает сопротивления и рассказывает свою версию
происходящего — по его версии NSF распределяет вакцину обычным людям, а
эпидемию распространило само правительство.

Следующим заданием ДжейСи становится уничтожение электроподстанции,
захваченной террористами в Нью-Йорке, а на поиски амброзии отправляют
его старшего брата — Пола Дентона. Совместно с другим спецагентом, Анной
Наварре, ДжейСи находит и уничтожает подстанцию в районе, известном как
«Адская Кухня». Вернувшись в штаб UNATCO, он узнаёт из разговора главы UNATCO Джозефа Мандерли с директором FEMA
Уолтоном Саймонсом о проблемах на миссии своего брата. Новое задание
ДжейСи — найти похищенные контейнеры с амброзией, которые террористы
собираются увезти из Нью-Йорка. Он начинает поиски в заброшенных
туннелях метро, и они приводят его в аэропорт Ла Гардиа. Ему приказывают убить владельца самолёта с вакциной — Хуана Лебедева, русского террориста, связанного с NSF.