Игра начинается со вступления, где игрок играет за Итана Марса, в
жизни которого наступила трагедия: его 10-летний сын Джейсон отделился
от него, когда они были в большом универмаге, вышел на улицу и перешёл
через дорогу на другую сторону. Когда отец наконец его нашёл, мальчик
побежал ему на встречу и в этот момент на него понеслась машина. Итан
пытается его спасти, но всё заканчивается неудачно и Джейсон погибает, а
сам Итан впадает на полгода в кому. Проходит два года. Итан винит себя в
смерти сына и находится в состоянии сильной депрессии, что приводит к
его разводу с женой и к тому, что его другой сын Шон, с которым Итан
видится только по выходным, совсем в нём разочаровывается. С того дня
Итана мучают страх перед толпой и провалы в памяти, которые длятся по
нескольку часов. Однажды Итану по почте приходит странное письмо с
коротким текстом, в котором рассказывается про семейную пару, которая,
вернувшись из церкви, не застала дома своих детей и нигде не смогла их
найти. А спустя некоторое время, когда Итан с Шоном гуляли в парке
развлечений, у Итана вновь случился провал в памяти и когда он очнулся,
то обнаружил, что Шон исчез.

В полиции приходят к выводу, что Шона похитил таинственный серийный убийца «Мастер оригами» (Origami killer),
который объявился несколько лет назад. Его жертвы — маленькие мальчики в
возрасте от 9 до 13 лет. Все мальчики похищались в осенний дождливый
сезон, а их тела обнаруживались спустя несколько дней. Причина смерти у
всех была одна — ненасильственное утопление. В руках у каждой жертвы
была найдена фигурка оригами, а на груди лежала орхидея.
Время смерти у всех было где-то несколько часов до обнаружения. Убитых
мальчиков связывает только одно — они все из бедных кварталов и, по
сути, никому не нужны. Агент ФБР
Норман Джейдэн, который приставлен в помощь полиции, считает, что
наличие орхидеи на груди и отсутствие физического насилия (жертвы не
были избиты или зарезаны) говорит о том, что убийца явно раскаивается в
своём поступке. Джейдэн так же приходит к выводу, что поскольку
похищения происходили в дождливые сезоны, то дети явно помещались в
ёмкость, которая затапливались водой во время выпадения плотных атмосферных осадков. А это значит, что у них меньше трёх дней, чтобы спасти Шона.

Чтобы укрыться от СМИ, Итан переезжает жить в мотель. В конверте с
той странной запиской он находит квитанцию из камеры хранения на местном
вокзале. Прийдя туда и отыскав нужную ячейку Итан находит в ней обувную
коробку. В коробке — пистолет, мобильник и пять фигурок оригами. В
телефоне он находит видеоролик, в котором Шон находится в закрытой
решёткой яме с водой. Так же в телефоне содержатся послание — если Итан
хочет спасти сына он должен пройти ряд тяжёлых испытаний, инструкции к
которым написаны на обратной стороне каждой из фигурок. В конце каждого
испытания он будет находить маленькую информационную карту, которую
нужно вставлять в телефон, после чего на экране высветится несколько
букв названия того места, где находится Шон. Между тем испытания
представляют собой настоящую угрозу для жизни, связанную как с огромным
риском, так и с физическим насилием (в одном из испытаний Итану
приходится отрубить себе фалангу мизинца). Попутно он встречает молодую
девушку Мэдисон Пейдж, которая помогает ему оправиться как физически,
так и эмоционально. Поскольку между ними завязываются чувства Мэдисон
решает помочь Итану и начинает собственное расследование.

Тем временем Джейден и лейтенант Картер Блэйк выходят на двух
подозреваемых, но каждый раз выясняется, что они ошиблись. В то же время
в полицию обращается бывшая жена Итана, которая признаётся, что после
их развода она один раз встретила Итана на улице и тот рассказал ей, что
ему постоянно мерещатся мальчики, тонущие в воде, а спустя несколько
дней после этой встречи была найдена очередная жертва. Это заявление
выводит Блэйка и Джейдена на психиатра Итана, который рассказывает им о
его провалах в памяти, что начались из-за депресси после смерти сына.
Блэйк твёрдо уверен — Итан Марс и есть «Мастер оригами». Джейден однако
продолжает изучать собранные факты, что заставляет его сомневаться в
версии Блэйка. Они начинают выслеживать Итана и последнему только
благодаря помощи Мэдисон удаётся от них сбежать.