После уничтожения "Нормандии СР-1" неопознанным кораблём (как выясняется в процессе прохождения — кораблём коллекционеров), организация «Цербер» запускает проект «Лазарь» с целью воскрешения капитана Шепарда.
Восстановление длится чуть более 2 лет, всё это время Шепард находится в
коме. После неожиданного и несвоевременного пробуждения, Шепард
встречается с загадочным руководителем «Цербера» Призраком.
В ходе разговора с ним становится ясно, почему «Цербер» взялся за
оживление Шепарда. Всё то время, что капитан находился в коме,
человеческие колонии исчезали без следа. Призрак предлагает капитану
Шепарду взяться за это дело: расследовать исчезновения колонистов. В
процессе расследования выясняется, что за таинственными похищениями
стоят коллекционеры.
Так как «Нормандия СР-1» была уничтожена, а команда Шепарда разбрелась
по разным участкам Галактики, «Цербер» предоставляет капитану новый
корабль «Нормандия СР-2»,
путешествуя на котором, игроку предстоит собрать новую команду. В ходе
миссии по спасению человечества капитану Шепарду предстоит побывать во
множестве знакомых, а также совершенно незнакомых уголках Галактики.
Капитану необходимо совершить невозможное: отправиться вслед за
Коллекционерами в их логово через ретранслятор Омега-4. Так как никто не
знает, что же находится на другой стороне и куда ведёт ретранслятор,
Шепарду предстоит во всём разобраться, отправившись на «Самоубийственную
миссию»…