Долгое время лабаратория иследования природы порталов пребывала в запустении и о GLaDOS ничего не было слышно. Очнувшуюся из состояния анабиоза Челл встречает один из многочисленных модулей персональности по имени
Уитли, который соглашается проводить её к спасательной капсуле. В
результате они попадают в комнату управления, где, пытаясь подать
питание на спасательную капсулу, Уитли случайно включает GLaDOS. GLaDOS, однако, не спешит мстить Челл; вместо этого она возобновляет испытания с портальной пушкой и одновременно с этим принимается за восстановление разрушенной Лаборатории.

Через некоторое время Уитли удаётся помочь подруге совершить побег.
Они решают уничтожить GLaDOS и следуют в цех по производству боевых
турелей, где заменяют опытный образец бракованным (чем провоцируют
выпуск только бракованных изделий). Затем друзья уничтожают запасы
нейротоксина, чтобы лишить GLaDOS этого оружия. Вскоре Челл и Уитли
разделяются, и девушка попадает в ловушку, устроенную GLaDOS. Пытаясь
убить беглянку, GLaDOS сначала активирует роботов, но, видя, что они
бесполезны, пытается выпустить нейротоксин, но вместо этого появляется
Уитли. Это даёт время, и Челл заменяет личностный модуль суперкомпьютера
на Уитли при помощи «кнопки принятия решения». Став почти всесильным,
Уитли сначала намеревается отпустить Челл (как и обещал), но затем резко
меняет свое мнение, говоря, что она предала его и вообще ничем не
помогала. В порыве ярости он ломает лифт, в котором находились Челл и
модуль GLaDOS (теперь работающий от картофельной батарейки). Они падают в
шахту, однако обеим удаётся выжить.